Les arrêts maladie 2026 mettent en lumière deux évolutions majeures : un recalibrage des indemnités journalières lié à la revalorisation du SMIC et l’apparition d’un encadrement légal des durées d’arrêt. Pour les salariés comme pour les RH, comprendre les conséquences pratiques et éviter les erreurs de gestion devient essentiel.
Sommaire
Que changent les nouvelles règles d’indemnisation en 2026 ?
Comment sont calculées les indemnités journalières ?
Le mode de calcul reste basé sur 50 % du salaire journalier de base, ce dernier étant déterminé par la moyenne des salaires bruts des trois mois précédant l’arrêt. En 2026, la revalorisation du SMIC influe sur les plafonds retenus pour le calcul des indemnités. Pensez à vérifier comment le salaire de référence est ventilé dans votre paie avant d’appliquer la règle.

Quel plafond s’applique et quelles conséquences pratiques ?
Un décret d’avril 2025 a fixé le plafond de rémunération pris en compte à 1,4 fois le SMIC, ce qui se traduit, pour 2026, par un salaire plafond mensuel de 2 552,25 € et une indemnité journalière brute maximale d’environ 41,95 €. Concrètement, cela signifie que pour des salaires supérieurs au plafond, l’indemnité versée par l’Assurance maladie sera limitée, et l’employeur doit anticiper les éventuels compléments prévus par la convention collective ou les accords d’entreprise.
Comment seront encadrées les durées d’arrêt et quelles incertitudes subsistent ?
La Loi de financement de la Sécurité sociale 2026 introduit un principe d’encadrement des durées d’arrêt. À titre indicatif la loi prévoit une durée maximale pour un premier arrêt pouvant aller jusqu’à un mois et des renouvellements possiblement limités à deux mois, sous réserve de justification médicale. Ces dispositions nécessitent toutefois des décrets d’application pour être pleinement opérationnelles, et les médecins gardent la possibilité de déroger en motivant leur décision.
Par ailleurs, la LFSS 2026 instaure pour la première fois une durée maximale d’indemnisation pour les arrêts liés aux accidents du travail et aux maladies professionnelles. Là encore, les modalités de poursuite et de réévaluation dépendront des textes qui suivront. Jusqu’à publication, des zones d’incertitude subsistent : il faut rester prudent dans l’interprétation et attendre les mesures complémentaires.
Congés payés pendant un arrêt maladie : règles concrètes et pièges à éviter
Depuis 2024, les salariés continuent d’acquérir des congés payés pendant un arrêt maladie. En pratique, un salarié en arrêt non professionnel acquiert généralement deux jours ouvrables par mois, dans la limite de 24 jours ouvrables par période. Pour les accidents du travail ou les maladies professionnelles, l’acquisition est de 2,5 jours ouvrables par mois sans plafond annuel.
Parmi les erreurs fréquentes observées : confondre jours ouvrables et jours ouvrés, négliger l’impact des périodes de référence sur le décompte, ou oublier la possibilité de report des congés non pris jusqu’à quinze mois. Ces confusions entraînent souvent des litiges à l’occasion des départs ou des reprises.
Ce que doivent vérifier en priorité les RH et les managers
- Mettre à jour les paramètres de paie en intégrant le plafond de rémunération applicable et la revalorisation du SMIC 2026.
- Contrôler les clauses des conventions collectives et accords d’entreprise relatives au maintien de salaire et à la subrogation.
- Former les managers sur les procédures : transmission du arrêt sous 48 heures par le salarié et déclaration par l’employeur à l’Assurance maladie sous 5 jours ouvrés.
- Clarifier le suivi des absences et les règles de cumul des congés payés afin d’éviter erreurs de décompte et contentieux.
- Instaurer une coordination régulière avec le médecin du travail pour anticiper les reprises partielles et les ajustements d’activité.
Autres points pratiques : lorsque l’employeur maintient le salaire, il peut percevoir l’indemnité en subrogation ; si des doutes sérieux existent sur la réalité de l’arrêt, l’employeur peut demander une contre-visite ou signaler un comportement frauduleux en apportant des éléments objectifs.

FAQ
Quand commencent les indemnités journalières ?
Sauf dispositions spécifiques d’une convention collective, les indemnités journalières de l’Assurance maladie sont en principe versées à partir du quatrième jour d’arrêt, les trois premiers jours constituant le délai de carence.
Quel est le délai pour transmettre un arrêt maladie à l’employeur ?
Le salarié doit remettre son arrêt maladie à son employeur sous 48 heures ; le non-respect de ce délai peut compliquer la gestion administrative et le versement des indemnités.
L’employeur peut-il refuser un arrêt prescrit par un médecin ?
Non, un arrêt prescrit par un médecin ne peut pas être refusé. L’employeur peut toutefois solliciter une contre‑visite ou engager une procédure s’il dispose d’éléments sérieux laissant penser à une fraude.
Comment sont comptés les congés payés acquis pendant un arrêt maladie ?
Les règles varient selon l’origine de l’arrêt : en cas de maladie non professionnelle, l’acquisition est généralement de deux jours ouvrables par mois (plafond annuel de 24 jours), tandis que pour accident du travail ou maladie professionnelle l’acquisition est de 2,5 jours ouvrables par mois, sans limitation annuelle. Il convient de respecter les règles de la période de référence applicable dans l’entreprise.


