La réforme des arrêts de travail entre en vigueur à la rentrée et elle modifie plusieurs pratiques médicales et administratives : il devient essentiel pour les services RH et les managers d’anticiper, sans perdre de vue la dimension humaine des arrêts maladie.
Sommaire
Ce qui change dès le 1er septembre 2026
Le cadre de prescription des arrêts maladie est désormais encadré par un décret publié le 12 juin 2026 (n° 2026-498). La première prescription d’arrêt sera en principe limitée à 31 jours et la première prolongation à 62 jours. Ces limites concernent non seulement les médecins généralistes et spécialistes mais aussi les chirurgiens-dentistes et les sages-femmes.
Le dispositif prévoit cependant une marge de manœuvre : un professionnel de santé peut prolonger au-delà de ces plafonds si l’état du salarié l’exige, en s’appuyant, lorsque c’est pertinent, sur les recommandations de la Haute Autorité de santé. Le texte renforce aussi les informations transmises à l’Assurance maladie : les motifs d’interruption devront être clairement précisés et, pour certains renouvellements supérieurs à trois mois, le médecin pourra saisir directement le service médical.
Pourquoi le législateur intervient‑il maintenant ?
La réforme s’inscrit dans un contexte de hausse des arrêts indemnisés et des dépenses qui y sont liées. Entre 2019 et 2024, le nombre d’arrêts indemnisés a augmenté d’environ 10 %, pour atteindre 9,1 millions. En 2025, les indemnités journalières se sont élevées à 17,9 milliards d’euros. Ces éléments figurent parmi les motifs avancés pour introduire davantage de points de contrôle et de jalons dans le suivi des arrêts.
Quelles conséquences pratiques pour les RH ?
Paie, subrogation et gestion administrative
Des prescriptions plus courtes impliquent mécaniquement davantage de renouvellements à suivre. Cela se traduit par plus d’échéances à vérifier avant la clôture des paies, des risques accrus d’erreurs de subrogation si les prolongations arrivent en retard, et un besoin d’outils d’alerte fiables. Un renouvellement transmis après la date limite peut bloquer le traitement d’un dossier et créer des tensions avec l’Assurance maladie.
Prévention, maintien dans l’emploi et rôle des managers
La multiplication des rendez‑vous médicaux peut aussi être vue comme une opportunité : repérer plus tôt les situations nécessitant une visite de pré‑reprise, un temps partiel thérapeutique ou un aménagement de poste. À l’inverse, il est fréquent de voir des pratiques qui transforment ces contrôles en course aux justificatifs. Les RH devront concilier contrôle administratif et accompagnement pour éviter de stigmatiser le salarié absent.
Erreurs fréquentes à éviter et bonnes pratiques
- Ne pas attendre la dernière minute pour saisir une prolongation dans le logiciel de paie ; paramétrez des alertes avant chaque échéance.
- Confondre contrôle et accusation : formez les managers à leur rôle d’organisation et de soutien, pas d’expert médical.
- Ignorer les règles conventionnelles : vérifiez les dispositions de maintien de salaire au cas par cas.
- Omettre de documenter les échanges avec l’Assurance maladie et la médecine du travail ; conservez une traçabilité claire.
- Ne pas exploiter les rendez‑vous rapprochés pour construire un parcours de maintien en emploi adapté.
FAQ
La réforme s’applique‑t‑elle aux arrêts prescrits avant le 1er septembre 2026 ?
Si une prolongation est prescrite après le 1er septembre, les nouvelles règles s’appliqueront ; il faut donc inventorier les arrêts en cours et anticiper les prolongations susceptibles d’être soumises aux plafonds.
Un médecin peut‑il tout de même prolonger un arrêt au‑delà de 31 ou 62 jours ?
Oui. Le professionnel de santé conserve la possibilité de dépasser ces durées lorsqu’il estime que l’état du salarié le nécessite, en s’appuyant, si disponible, sur les recommandations de la Haute Autorité de santé.
Quelles mesures opérationnelles prioriser côté RH ?
Commencez par mettre à jour vos procédures et outils de suivi (paramétrage d’alertes, workflows de validation), informer et former managers et paie, et vérifier les règles de subrogation et de maintien de salaire applicables dans vos conventions.